El contacto continuo del aparato respiratorio con el medio ambiente permite que los agentes infecciosos (bacterias, virus y hongos) accedan al mismo junto con el aire que respiramos.
Lo habitual es que estos agentes patógenos queden retenidos por las defensas del organismo a nivel de las vías altas y ocasionen infecciones a dicho nivel (rinosinusitis, faringitis, laringitis).
Si consiguen sobrepasar las vías altas, entonces la infección alcanzará a los bronquios (bronquitis) o a los pulmones (neumonía) y a la pleura (pleuritis o empiema).
El tratamiento antibiótico es eficaz en la mayoría de los casos, si bien en algunos casos pueden ser extremadamente graves (neumonía).
La tuberculosis (causada por el bacilo de Koch) se caracteriza por su carácter destructivo (origina lesiones pulmonares irreversibles) y su contagiosidad entre humanos. El tratamiento ha de ser prolongado (6 meses) para la completa curación. Es obligado el estudio de los contactos en el medio familiar y laboral.